Les femmes autochtones sont de surcroît confrontées à la violence patriarcale, qui a atteint son paroxysme pendant la guerre civile entre 1960 et 1996, avec des viols systématiques et l’esclavage de femmes mayas comme arme de guerre, mais qui se manifeste toujours au quotidien par des violences, féminicides et agressions sexuelles généralement impunies.
En réponse à ces oppressions multiples, de nombreuses organisations de femmes ont été créées, notamment après la guerre civile, et ont pu participer officiellement aux négociations des Accords de paix : des groupes féministes composés de femmes de la classe moyenne urbaine, mais aussi des groupes de femmes mayas exilées luttant à leur retour pour l’accès à la terre, comme l’organisation Mamá Maquín fondée en 1990.
Au carrefour des traditions autochtones, dont elles sont les gardiennes, et des luttes pour les droits humains ou contre l’extractivisme, les femmes autochtones sont particulièrement actives dans de nombreuses associations et coopératives.