La réunion d’une loya jirga (grand conseil) constitutionnelle s’est tenue en décembre 2003. La nouvelle constitution a été adoptée en janvier 2004, créant une forme présidentielle de gouvernement, avec un régime parlementaire (assemblée élue au suffrage universel et sénat).
Les troupes et les agences de renseignements des États-Unis et nombre d’autres pays étaient présents. Une force de maintien de la paix des Nations Unies, la Force internationale d’assistance de sécurité (FIAS) opérationnelle à Kaboul depuis décembre 2001, est passée sous contrôle de l’OTAN depuis le 11 août 2003 mais une bonne partie du pays reste sous le contrôle des chefs de guerre.
Des élections nationales se sont tenues le 9 octobre 2004. Plus de 10 millions d’Afghans se sont inscrits sur les listes électorales. Plus de 17 candidats s’opposant à Hamid Karzaï ont boycotté les élections, soupçonnant une fraude. Hamid Karzaï a été élu par 55,4% des votants.
Le 18 septembre 2005, 12,5 millions d’Afghans et d’Afghanes ont participé aux élections législatives. L’enthousiasme des Afghans pour ces élections peut être considéré comme exceptionnel. Certains n’ont pas hésité à parcourir de grandes distances pour se rendre à leur bureau de vote, malgré les menaces des Talibans.
Ces élections sont également les premières où des femmes peuvent siéger au Parlement, sur les 5 800 candidats pour les 249 sièges du Parlement et les 420 postes des conseils provinciaux, il y avait 565 femmes. 25% des sièges du Parlement et 30% de ceux des conseils municipaux leurs sont réservés suivant la Constitution. Selon l’envoyé spécial du journal britannique The Independent, elles pourraient avoir un impact significatif sur la vie politique, car "il est largement admis parmi la population afghane que les femmes sont moins corruptibles et plus détachées des liens tribaux. Elles n’ont pas de sang sur les mains et n’ont pas été impliquées dans les atrocités qui ont marqué le pays. Ce dernier point est un atout qui pourrait même pousser les hommes à voter pour elles.".
En novembre 2006, a été créé un nouveau parti politique, le Front national uni, qui regroupe d’anciens hommes forts du pays et qui s’affirme comme la principale force d’opposition au gouvernement Karzaï. Rassemblant des courants antagonistes sur les plans politique, ethnique et religieux, c’est une sorte de coalition de seigneurs de la guerre, dont de nombreux membres appartenaient naguère à l’Alliance du Nord. Multiethnique, il s’est fixé comme objectif de garantir l’unité de ce pays divisé ; il demande une réforme de la Constitution pour donner plus de poids aux partis politiques.
En 2009, les élections présidentielles et provinciales ont, malgré des irrégularités, reconduit le président Hamid Karzaï, au second tour, grâce au retrait de son rival.