Né en 1951, issu d’une famille persécutée sous la dictature du général Stroessner, Fernando Lugo est ordonné prêtre en 1977.
De 1977 à 1982, il travaille en tant que missionnaire auprès des peuples indigènes d’Équateur où il découvre la « théologie de la libération ».
De retour au Paraguay, il est expulsé en 1983. Il revient au Paraguay en 1987 où il est nommé, en 1994, évêque du diocèse de San Pedro, un des plus pauvres du pays.
Apportant un soutien sans faille aux paysans sans terre, Lugo fonde le Mouvement populaire Tekojoja (égalité en guarani).
En mars 2006, il conduit une marche et un rassemblement à Asunción pour dénoncer les violations présumées de la Constitution par le président Duarte Frutos.
Le 25 décembre 2006, « l’évêque des pauvres » annonce sa décision de se présenter aux élections présidentielles de 2008 comme candidat de consensus de l’opposition.
Il est élu avec une participation record de 65% des électeurs. Lugo a reçu, après son élection, une dispense papale lui permettant d’exercer ses nouvelles fonctions de président de la République du Paraguay.