Indépendances et dictatures
Au début des années 60, les quatre pays de la zone accèdent à l’indépendance, parfois précédée ou suivie de troubles ou de conflits internes. Dans un contexte international marqué par la guerre froide, des régimes dictatoriaux évincent les institutions mises en place à la faveur de coups d’Etat : 1965 au Congo (général Mobutu), 1966 au Burundi (colonel Micombero) et en Ouganda (Milton Obote), 1973 au Rwanda (général Habyarimana). Obote sera renversé par Idi Amin Dada en 1971 avant de reprendre le pouvoir et d’en être à nouveau chassé par le général Tito Okello, lui-même renversé en 1986 par Yoweri Museveni à la tête de la National Resistance Army (NRA). Au Burundi Micombero est renversé en 1976 par le colonel Bagaza, lui-même renversé par le major Buyoya en 1987.
En Ouganda, Museveni prend le pouvoir en 1986 appuyé par de nombreux exilés rwandais tutsis, réfugiés en Ouganda suite aux violences ayant précédé et suivi l’indépendance, et qui s’enrôlent dans la NRA. Devant l’échec des négociations en vue de leur retour au Rwanda, certains exilés créent en 1987 le Front Patriotique Rwandais (FPR), dirigé par Fred Rwigema, et sa branche armée l’APR (Armée Patriotique Rwandaise). L’actuel président du Rwanda Paul Kagame prend la tête du FPR en octobre 1990, suite au décès de Fred Rwigema.
A partir de 1989, la fin de la guerre froide modifie la donne géopolitique de la région. Devenus moins utiles, voire encombrants, lâchés par les pays occidentaux qui les appuyaient jusque-là, les pouvoirs dictatoriaux sont contraints, sous les pressions internes et externes, de s’ouvrir au pluralisme politique, à la faveur de processus de transition portés par des conférences nationales, de nouvelles constitutions, des gouvernements d’union nationale, des cycles électoraux. Au Burundi, en juin 1993, Melchior Ndadaye est élu président de la République au suffrage universel : pour la première fois dans l’histoire de la République, le président est un civil et un Hutu.