El discurso anti transgénico fue hacia finales del noventa acogido por las organizaciones campesinas, de consumidores en la región, y surgen en esa época varias declaraciones donde las organizaciones expresan su total rechazo a las empresas que promueven a biotecnología en la región. Se une el tema de los transgénicos al de la soberanía alimentaria, lo que potencia su discurso. En el Foro Mundial sobre Soberanía Alimentaria de 2001, los asistentes se pronunciaron en contra de la patentabilidad de los seres vivos y de las semillas, hicieron un llamado a controlar los alimentos transgénicos, a establecer mecanismos de responsabilidad a los países que no cumplan normas de bioseguridad e invocaron al principio de precaución.
En América Latina ha habido una evolución histórica de los actores sociales que trabajan en torno a la problemática de los cultivos transgénicos.
A mediados de la década del noventa, prácticamente no habían organizaciones preocupadas por la problemática de los transgénicos en América Latina; esto a pesar de que ya en Argentina a mediados de la década, habían unos cuantos millones de hectáreas sembradas con soya transgénica. En esa época en Argentina la lucha se centraba en contra del neoliberalismo de Carlos Menen, y se decía que su régimen había sido negativo en muchos aspectos, pero no en los aspectos ambientales pues Menen había destruido la industria nacional. El tema ambiental se limitaba a los impactos de la industria, y mas bien se veía como algo positivo la expansión de la soya, pues generaba riqueza al país. Los más críticos veían a los transgénicos como una nueva expresión de la agricultura industrial en agricultura. Uno de las primeras organizaciones que enfrenta con seriedad la problemática transgénica en Argentina es el Grupo de Reflexión Rural, quien critica el modelo agrícola en general y los cultivos transgénicos en particular.